依据工作性质，合唱指挥的工作程序共分三个步骤：一、案头工作；二、排练工作；三、演出工作。其中，第一、二阶段的工作时间最长，任务最为艰巨。而第三阶段的工作除了本阶段自身所要解决的问题以外，将集中展现第一、二阶段工作的成果。
案头工作：合唱指挥的案头工作与乐队指挥一样是一个系统完整的工作流程。是排练工作前的全面准备阶段，是集中指挥家的专业知识、专业技能和个人智慧开展工作的重要阶段，是使词曲作家的创作转化为实际音响并最终走入听众心田的开始。
在这一阶段的工作中，指挥者要通过五个基本步骤方能完成全部工作。其具体任务是阅读熟悉合唱总谱、分析认识作品、构思音乐处理方案、设计指挥动作、制定排练计划等。
具体流程如下所示：
阅读熟悉总谱→分析认识作品→音乐处理构思→指挥动作设计→制定排练计划
一、阅读熟悉总谱
阅读熟悉总谱有单声部视唱阅读总谱、弹唱结合阅读总谱、纵横交叉阅读总谱三种方式，也可以称作三个步骤。
1、单声部视唱读谱
单声部视唱是凭借熟练的读谱能力和敏锐的内心音乐听觉以有声视唱或默唱的方式阅读合唱总谱的一种方法。指挥通过逐行视唱乐谱，了解、熟悉并记忆总谱中每个声部的曲调、歌词、段落的划分及其段落间的不同变化、装饰音、省略记号或表情符号等，以建立对音乐的曲调、整体的横向关系、词曲关系、声部旋律等基本信息的初步印象为主要目的。
2、弹唱结合阅读总谱
由于人声每次只能唱出一个声部，无法通过个人的视唱同时获得音乐作品整体的音响感受，指挥往往需要借助钢琴弹奏来了解作品的整体。弹奏时，指挥者不仅可以同时弹奏总谱的全部声部，以期聆听和声和复调的实际音响，还可以弹奏部分声部，同时唱出其中一个声部。以此来熟悉作品的局部和整体，充分感受每个声部的曲调以及一声部与其它声部的关系等。具体步骤视作品而定：当所读作品是二声部时，可边唱高声部，边弹低声部，然后再唱低声部，同时弹高声部。当所读作品是三声部时，可边唱高声部，边弹中、低声部，然后再唱中声部，弹高、低声部，最后唱低声部，弹高、中声部。当所读作品是四声部时，可先唱女高音声部，同时弹奏女低、男高、男低声部。再唱女低声部，同时弹奏女高、男高、男低声部。其次唱男高声部，同时弹奏女高、女低、男低声部。最后唱男低声部，同时弹奏女高、女低、男高声部。
总之，指挥运用这种方法，反复练习与聆听，可以获得对作品的旋律、和声、织体等音乐基本内涵的较深刻的了解和认识（尽管它与完全人声演唱还有不同）。
3、纵横交叉阅读总谱
纵横交叉读谱，是指挥将合唱总谱诸声部中需要在演唱时明确提示和强调的诸如主旋律、主旋律的声部交换、声部进入和退出的起始（主要存在于复调乐段中）等进行归纳和整合的一种读谱方式。通过这种归纳和整合，离出一条建立在音乐整体音响表现基础上的指挥所需要的立体交叉性旋律，这一工作是指挥在复杂乐段，保持清醒头脑、明确旋律线条、处理好声部关系和音乐织体、有条不紊地实现对演唱诸声部的有效控制于调动的重要基础，是指挥进行动作设计的基本依据。
二、分析认识总谱
分析认识总谱，是指挥在对合唱总谱乃至钢琴伴奏谱和乐队伴奏谱中诸声部有了初步认识的基础上开始深入分析、研究、全面认识作品的一个步骤。在这一过程中，指挥要对作品的曲调、歌词内容、和声织体、调式调性、曲式结构、速度力度、音乐风格、演唱要求、高潮处理等所有能够体现词曲作家创作构思和表现意图的要素进行详尽的分析研究和挖掘，为音乐进一步进行歌曲处理和指挥动作设计做好准备。
三、音乐处理构思
音乐处理构思包含着两个方面的工作：一是在对音乐有了深入了解、正确认识和准确把握的基础上，确定音乐表现的基本构思和细致的演唱安排，以期准确表现词曲作家的创作意图。二是在此基础上，进一步发掘能够增进合唱表现效果的更多可能，将指挥对音乐的理解、解释甚至新的创造融入音乐处理的整体构思和安排之中，使该作品的演唱能够在遵循并很好表达原作创作意图的基础上获得更加新颖的、更具个性特色的合唱表演效果。